La estructura organizativa del CENDA está conformada por la Asamblea General, la Junta Directiva y un Consejo Asesor.
 
La Asamblea General es la máxima autoridad de la asociación civil CENDA y la integran once (11) miembros en su mayoría fundadores, en representación del movimiento sindical venezolano.

Del seno de la Asamblea es elegida la Junta Directiva, quien ejerce la dirección y administración de la asociación civil CENDA y establece las políticas, estrategias y objetivos que orienten la gestión de la organización. 

Y un Consejo Asesor, electo por la Junta Directiva, integrado por expertos en los temas sociolaborales y cuya labor es coadyuvar en el desarrollo de los proyectos y planes de trabajo de la organización.